Au fur et à mesure que le nouveau coronavirus SARS-CoV-2 se propage dans le monde entier, il mute, et les scientifiques peuvent suivre ces mutations en séquençant les virus isolés des patients. Ces génomes viraux peuvent non seulement montrer comment le virus se déplace à travers une population ; ils peuvent également éclairer les efforts pour trouver un remède, par exemple en montrant si certaines mutations sont plus sensibles à certains traitements que d’autres.
Jusqu’à présent, des milliers de génomes du SRAS-CoV-2 du monde entier ont été séquencés et téléchargés sur Nextstrain, une base de données mondiale qui suit les agents pathogènes. Mais seulement 82 d’entre eux sont d’Afrique. Deux pays subsahariens – le Sénégal et la République démocratique du Congo – ont contribué à la part du lion des génomes africains. Le Ghana a récemment ajouté 15 séquences. Les pays les plus riches du sous-continent sont sous-représentés : l’Afrique du Sud n’a contribué qu’à cinq séquences, et le Nigeria une.
Certains pensent que c’est trop peu. Omeike Sunday, microbiologiste à l’Université McPherson au Nigeria, affirme que la pénurie de séquences génomiques est une indication de l’incapacité des gouvernements africains à financer adéquatement la science. « Les gouvernements africains doivent comprendre que la santé publique et la science devraient être prioritaires dans leurs budgets, en plus du soutien de partenaires étrangers qui pourrait être la clé pour arrêter la prochaine épidémie », dit-il.
Mais Christian Happi, directeur du Centre africain d’excellence nigérian pour la génomique des maladies infectieuses, qui a produit la première séquence virale du Nigeria – la première en Afrique subsaharienne – dit qu’il est faux de rejeter tout le blâme sur les gouvernements.
Tout en admettant que le coût d’acquisition de la capacité de séquençage du génome est élevé, il estime que la technologie n’est pas hors de portée des institutions de recherche africaines. « Certaines de ces institutions acquièrent des voitures chères pour leurs têtes. L’argent dépensé pour de telles voitures serait suffisant pour acquérir des capacités de séquençage du génome », dit-il.
Tosin Akinyinka, un expert en génomique basé à l’Université de Georgetown aux États-Unis, mais originaire du Nigeria, dit qu’il considère la logistique, et non le coût, comme un plus grand défi pour les efforts visant à augmenter le nombre de séquences génomiques du Covid-19 en Afrique. « Le séquençage du génome est relativement bon marché et plusieurs pays d’Afrique peuvent se le permettre », dit-il.
L’ACEGID du Nigeria a fourni un aperçu guidé par la génomique pour aider la réponse du Nigeria à d’autres maladies infectieuses. Il a déjà fourni des séquences génomiques pour les épidémies de fièvre Ebola et Lassa au Nigeria. Il a pu produire son génome du SRAS-CoV-2 en quelques jours seulement, dit Happi.
Mais le séquençage des virus a été mis en attente au Nigeria depuis lors, au moins temporairement. La priorité du gouvernement pour la réponse à l’épidémie de Covid-19 dans le pays est axée sur l’amélioration et l’expansion de l’accès au diagnostic et l’augmentation de la capacité de quarantaine, déclare Happi « J’espère que nous aurons plus de séquences », dit-il. « À condition que nous obtenions tous les échantillons de tout le pays, nous devrions être en mesure de donner un aperçu très profond de l’évolution virale. »
Ces idées ne deviendront vraiment une priorité absolue que lorsque les traitements pour Covid-19 émergeront, déclare Gerald Mboowa, chercheur en bioinformatique et en génomique à l’Université Makerere en Ouganda. C’est parce que les traitements peuvent mieux fonctionner sur certaines souches du virus que sur d’autres. « C’est à ce moment-là que nous pouvons parler de la virulence du changement du virus, à la suite de mutations », dit-il.
Pourtant, il est nécessaire de continuer à développer les capacités génomiques de l’Afrique, déclare Rotimi Fasimoye, assistant de recherche postdoctorale né au Nigeria en microbiologie à l’Université de Dundee en Écosse. « Nous ne devrions pas dépendre de l’Occident pour le soutien », dit-il
Happi est d’accord. Il note que les pays et les institutions africains doivent renforcer les capacités qui leur permettent de mener des études qui sont directement pertinentes pour les Africains, plutôt que de les laisser à la discrétion des propriétaires étrangers de ces installations
. « Regardez la Guinée. Le cas d’indice de la maladie à virus Ebola était un bébé. Mais comme il n’y a pas d’installation de séquençage du génome dans le pays, ils ont dû envoyer l’échantillon en France et il a fallu plusieurs jours avant que le résultat puisse être obtenu. À ce moment-là, il s’était déjà propagé », dit-il.
Source : https://sciafmag.com
